St. Pantaleon hieß ursprünglich Zwieselkirchen nach den beiden romanischen Kirchenapsiden.
Der nach 1420 geänderte Ortsname bezieht sich auf den Patron der Pfarrkirche. Mit 1. Jänner 1971 haben sich die beiden ehemaligen Gemeinden St. Pantaleon und Erla zur Gemeinde St. Pantaleon-Erla vereinigt. Das urgeschichtliche und römische Fundgebiet des Enns-Donau-Winkels ist weitgehend mit dem jetzigen Gemeindebereich identisch. Verschiedene Funde berichten von Siedlungsstätten, die es in diesem Raum seit etwa 5000 Jahren gibt. Vom römischen Legionslager im Raume Albing, dem größten Militärlager mit ca. 6000 Mann, das später nach Lauriacum verlegt wurde, sind genaue Daten vorhanden. Beim Bau des Unterwasserkanals für das Ennskraftwerk St. Pantaleon hat man Gräber aus dem 4. Jh. gefunden. Freigelegte Ziegelöfen sind der römischen Kultur desselben Jh . s zuzuordnen. Zahlreiche Ziegelfragmente mit zeittypischen Stempelzeichen sind im Geschichtlichen Museum in St. Valentin aufbewahrt. Aus der leidvollen Magyarenzeit konnte man in der KG Pyburg noch einen Wall erkennen, der auf eine großangelegte Erdburg des 9. Jh.s hinweist.
Zwischen 1520 und 1620 waren die Bewohner des Enns-Donau-Winkels größtenteils evangelisch, unterstützt von den Schlossherren. So wie in mehrere Nachbargemeinden kamen auch türkische Heerscharen zur Zeit der Belagerung von Wien hierher. Ebenso hinterließen die Franzosenkriege ihre deutlichen Spuren. Neben den oftmaligen Kriegsereignissen wurde die Donaulandschaft wiederholt von Überschwemmungen heimgesucht. Der wirtschaftliche Schwerpunkt lag bis ins 19. Jh. zum Großteil in der Landwirtschaft. Im letzten Jh. vermehrten sich die heimischen Gewerbebetriebe, die für rund 200 Arbeitsplätze sorgen.