Pfarrkirche "Hl. Nikolaus". Ardagger war um 823 in den Besitz des Hochstiftes Passau gelangt. Von dieser Zeit stammt die Nennung "ad Artagrum basilicas duas", die sich auf Ardagger bezieht und das Bestehen der Kirche bzw. zweier Kirchen bekundet. Das erhöht über dem Markt liegende Kirchengebäude mit seinem wuchtigen Südturm und dem profilierten Südportal bringt die gotische Stilepoche des 14./15. Jhts zum Ausdruck. Aus der romanischen Vorgängerkirche sind Bauteile erhalten geblieben. Im Inneren ist das Kreuzrippengewölbe bemerkenswert. Der zierliche Rokoko-Hochaltar mit dem zentralen Bild "hl. Nikolaus" ist seitlich flankiert von neubarocken Statuen. Die Kanzel, weitere Statuen und Bilder sind neugotisch.
Vermutlich fällt der erste Kirchenbau ebenfalls in die Zeit um 823. Kaiser Heinrich III. schenkte 1049 das Gebiet an den Bischof von Freising mit der Auflage, eine Kirche zu Ehren der hl. Margareta zu errichten. Bei der Weihe der Stiftskirche im Jahre 1063 waren die mächtigsten Würdenträger zugegen. Im 13. Jh. entstand die dreischiffige spätromanische Pfeilerbasilika. In der heutigen Kirche fließen die verschiedenen Baustile ineinander. Besondere Beachtung verdient das Glasfenster mit der Darstellung des Lebens der hl. Margareta. Es gilt als das älteste Figuralfenster Österreichs. Über der romanischen Krypta entstand der überhöhte frühgotische Hauptchor. Im Jahre 1529 wurde beim Türkeneinfall die Kirche geplündert und das hohe Kirchengewölbe durch Brand völlig ruiniert. 40 Jahre lag die Kirche in Trümmein. Nach 1567 baute man ein niedrigeres Kirchenschiff, das 100 Jahre später mit reicher Stuckzier versehen wurde.
Vom Kreuzgang aus gelangt man zum heutigen Schloß der ehemaligen Propstei. Im Unterbau befindet sich ein altes Tonnengewölbe. Das Gebäude wurde 1620 um ein Stockwerk erhöht. Das Portal, der Laubengang des Osttraktes und der Stiegenaufgang fallen in diese Zeit. Seit der Klosteraufhebung 1784 ist die Stiftskirche eine Weltpriesterpfarre.

Pfarrkirche Kollmitzberg "Hl. Ottilie". Die Kirche krönt den 469 in hohen Berg am rechten Donauufer und ist für alle Besucher von weitem ein Blickfang. Sie wird 1260 erstmals als Vikariatspfarre des Kollegiatsstiftes Ardagger erwähnt und ist ab Mitte des 18. Jh.s mit einem selbständigen Pfarrer besetzt. Zur gotischen Kirche zogen einst viele Wallfahrer zu Fuß hinauf. Sehenswert sind das mit 1492 datierte Sakramentshäuschen und die Statue der hl. Ottilie aus der Zeit um 1500.

Pfarrkirche Stephanshart "Hl. Stephanus". Im 11. Jh. gründeten die Passauer Bischöfe diese Pfarre. Die seinerzeitige spätgotische Kirche wurde am 5. Mai 1497 vollendet und dem Schutz des hl. Stephanus anvertraut. Sie war eine dreischiffige Hallenkirche und mußte wegen Bodenrutschungen am 6. Jänner 1957 gesperrt werden. Die in höherer Lage in den Jahren 1956-59 als "Machlanddom" entstandene Kirche erhielt ihre Weihe 1959.
Das Sgraffito des hl. Stephanus über dem Hochaltar schuf R. Herfert aus St. Pölten, auch die Kreuzwegbilder und die Fenster stammen von ihm.